Dưới thời Pháp thuộc, thị trấn Hậu Nghĩa là xóm Bàu Trai thuộc làng Hòa Khánh, quận Đức Hòa, tỉnh Chợ lớn ( sau năm 1956 thuộc tỉnh Long An).

Đến năm 1963, tỉnh Hậu Nghĩa được thành lập từ phần đất tách ra của tỉnh Long An, Tây Ninh, Và  Bình Dương: gồm 4 quận Củ Chi, Đức Hòa, Đức Huệ, Trảng Bàng. Tỉnh lụy đặt tại Bàu Trai, còn được gọi là thị xã Khiêm Cương, về mặt hành chính thuộc xã Hòa Khánh, quận Đức Hòa.

Sau năm 1975, tỉnh Hậu Nghĩa bị giải thể, quận Trảng Bàng chuyển về tỉnh Tây Ninh, quận củ chi sát nhập vào thành phố Hồ Chí Minh, hai quận Đức Huệ và Đức Hòa trở thành hai huyện thuộc tỉnh Long An. Đồng thời, chính quyền tách một phần diện tích và dân số của các xã Hòa Khánh và Tân Phú để thành lập thị trấn Hậu Nghĩa, huyện lỵ của Đức Hòa.

Ngày 9 tháng 4 năm 2010, Bộ Xây dựng ban hành Quyết định số 438/QĐ-BXD về việc công nhận thị trấn Hậu Nghĩa là đô thị loại IV.